MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1047R

Total Repeats: 446

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187141	AAGC	2	8	14	21	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NT_187141	CTT	2	6	28	33	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NT_187141	ATA	2	6	43	48	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NT_187141	ATT	2	6	49	54	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NT_187141	TAA	2	6	101	106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NT_187141	AGG	2	6	167	172	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NT_187141	A	7	7	178	184	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NT_187141	AAT	3	9	203	211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NT_187141	GTA	2	6	238	243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NT_187141	AAG	2	6	434	439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NT_187141	GAAG	2	8	481	488	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NT_187141	GCA	2	6	527	532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NT_187141	AAAG	2	8	538	545	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NT_187141	GTG	2	6	552	557	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NT_187141	TGG	2	6	562	567	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NT_187141	TAA	2	6	672	677	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NT_187141	AAG	2	6	678	683	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NT_187141	ATG	2	6	717	722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NT_187141	TAA	2	6	766	771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NT_187141	AGC	3	9	793	801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NT_187141	TGC	3	9	850	858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NT_187141	GTACTG	2	12	929	940	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NT_187141	ATG	2	6	944	949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NT_187141	TAC	2	6	957	962	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NT_187141	GCA	2	6	990	995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NT_187141	GCA	2	6	1087	1092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NT_187141	AAACA	2	10	1101	1110	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NT_187141	TAT	3	9	1119	1127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NT_187141	AAG	2	6	1193	1198	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NT_187141	GAAAA	2	10	1234	1243	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NT_187141	A	6	6	1240	1245	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NT_187141	ATT	2	6	1258	1263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NT_187141	TAAA	2	8	1276	1283	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NT_187141	CT	3	6	1310	1315	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NT_187141	TTAT	2	8	1336	1343	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NT_187141	AGG	2	6	1364	1369	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NT_187141	A	7	7	1375	1381	100 %	0 %	0 %	0 %	426202351
38	NT_187141	AAT	2	6	1401	1406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
39	NT_187141	TAA	2	6	1407	1412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
40	NT_187141	ATG	3	9	1429	1437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202351
41	NT_187141	GTT	2	6	1441	1446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202351
42	NT_187141	ACA	2	6	1464	1469	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202351
43	NT_187141	AGC	3	9	1497	1505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202351
44	NT_187141	AGG	2	6	1509	1514	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202351
45	NT_187141	AAG	2	6	1515	1520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
46	NT_187141	GTAG	2	8	1543	1550	25 %	25 %	50 %	0 %	426202351
47	NT_187141	AGTT	2	8	1583	1590	25 %	50 %	25 %	0 %	426202351
48	NT_187141	AAAG	2	8	1626	1633	75 %	0 %	25 %	0 %	426202351
49	NT_187141	AGG	2	6	1641	1646	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202351
50	NT_187141	AGA	2	6	1686	1691	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
51	NT_187141	A	6	6	1707	1712	100 %	0 %	0 %	0 %	426202351
52	NT_187141	ACT	2	6	1783	1788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202351
53	NT_187141	TGC	2	6	1866	1871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202351
54	NT_187141	AGCAAA	2	12	1875	1886	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	426202351
55	NT_187141	A	7	7	1899	1905	100 %	0 %	0 %	0 %	426202351
56	NT_187141	CAG	2	6	1979	1984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202351
57	NT_187141	ATAA	2	8	1990	1997	75 %	25 %	0 %	0 %	426202351
58	NT_187141	ATA	2	6	2003	2008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
59	NT_187141	GAA	2	6	2098	2103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
60	NT_187141	AAG	2	6	2129	2134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
61	NT_187141	AGA	2	6	2154	2159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
62	NT_187141	G	6	6	2197	2202	0 %	0 %	100 %	0 %	426202351
63	NT_187141	AGC	3	9	2235	2243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202351
64	NT_187141	AGG	2	6	2250	2255	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202351
65	NT_187141	ATA	2	6	2300	2305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
66	NT_187141	ATGACA	2	12	2306	2317	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	426202351
67	NT_187141	CAA	2	6	2345	2350	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202351
68	NT_187141	AGA	2	6	2370	2375	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
69	NT_187141	AAG	2	6	2383	2388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202351
70	NT_187141	A	6	6	2420	2425	100 %	0 %	0 %	0 %	426202351
71	NT_187141	TAA	2	6	2461	2466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202351
72	NT_187141	GATA	2	8	2467	2474	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NT_187141	ATTA	2	8	2480	2487	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NT_187141	TTG	2	6	2543	2548	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NT_187141	AAG	2	6	2560	2565	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NT_187141	GCT	2	6	2574	2579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
77	NT_187141	TTA	2	6	2608	2613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202352
78	NT_187141	AT	3	6	2635	2640	50 %	50 %	0 %	0 %	426202352
79	NT_187141	AAAGT	2	10	2707	2716	60 %	20 %	20 %	0 %	426202352
80	NT_187141	ACT	2	6	2754	2759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202352
81	NT_187141	AAATA	2	10	2783	2792	80 %	20 %	0 %	0 %	426202352
82	NT_187141	A	6	6	2801	2806	100 %	0 %	0 %	0 %	426202352
83	NT_187141	AGC	2	6	2814	2819	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202352
84	NT_187141	AAC	2	6	2869	2874	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202352
85	NT_187141	CTAA	2	8	2886	2893	50 %	25 %	0 %	25 %	426202352
86	NT_187141	AAG	2	6	2911	2916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202352
87	NT_187141	ATGCTG	2	12	2941	2952	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426202352
88	NT_187141	TGC	2	6	2960	2965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
89	NT_187141	TAT	2	6	3008	3013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202352
90	NT_187141	TGC	3	9	3074	3082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
91	NT_187141	TAC	2	6	3083	3088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202352
92	NT_187141	CTG	2	6	3097	3102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
93	NT_187141	TGC	3	9	3125	3133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
94	NT_187141	TGAT	2	8	3187	3194	25 %	50 %	25 %	0 %	426202352
95	NT_187141	CAA	3	9	3239	3247	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202352
96	NT_187141	GCT	2	6	3270	3275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
97	NT_187141	CTAATG	2	12	3277	3288	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	426202352
98	NT_187141	CTG	3	9	3289	3297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
99	NT_187141	AAC	2	6	3300	3305	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202352
100	NT_187141	TAG	2	6	3328	3333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202352
101	NT_187141	AGG	2	6	3362	3367	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202352
102	NT_187141	TGC	2	6	3383	3388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202352
103	NT_187141	AGC	3	9	3407	3415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202352
104	NT_187141	AGTA	2	8	3470	3477	50 %	25 %	25 %	0 %	426202352
105	NT_187141	AGATA	2	10	3485	3494	60 %	20 %	20 %	0 %	426202352
106	NT_187141	TAA	2	6	3575	3580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202352
107	NT_187141	ATC	2	6	3581	3586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202352
108	NT_187141	TAAG	2	8	3659	3666	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NT_187141	TA	3	6	3761	3766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NT_187141	ATAA	2	8	3795	3802	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NT_187141	TG	3	6	3857	3862	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NT_187141	TAA	2	6	3863	3868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NT_187141	AAT	3	9	3893	3901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NT_187141	TTTA	2	8	3905	3912	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NT_187141	TAA	2	6	3929	3934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NT_187141	GCA	2	6	4035	4040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NT_187141	AAG	2	6	4048	4053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NT_187141	TGA	2	6	4130	4135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NT_187141	GTA	2	6	4138	4143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NT_187141	GTATT	2	10	4180	4189	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NT_187141	GCT	2	6	4341	4346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NT_187141	TAAA	2	8	4380	4387	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NT_187141	TTG	2	6	4416	4421	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NT_187141	TGC	2	6	4462	4467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NT_187141	GAAT	2	8	4519	4526	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NT_187141	A	6	6	4578	4583	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NT_187141	TAA	2	6	4597	4602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NT_187141	T	6	6	4633	4638	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NT_187141	ATT	2	6	4665	4670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NT_187141	ATT	2	6	4682	4687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NT_187141	TGA	2	6	4689	4694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NT_187141	T	7	7	4762	4768	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NT_187141	TAA	2	6	4818	4823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NT_187141	T	6	6	4824	4829	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NT_187141	CAT	2	6	4841	4846	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NT_187141	A	6	6	4890	4895	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NT_187141	TAA	2	6	4959	4964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NT_187141	TTG	2	6	4967	4972	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NT_187141	AG	3	6	4982	4987	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NT_187141	ATA	2	6	5039	5044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NT_187141	TGT	2	6	5118	5123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NT_187141	GGT	2	6	5128	5133	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NT_187141	GCT	2	6	5134	5139	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NT_187141	GAA	2	6	5158	5163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NT_187141	AAG	2	6	5222	5227	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NT_187141	GAT	2	6	5245	5250	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NT_187141	ATG	2	6	5285	5290	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NT_187141	GTT	2	6	5307	5312	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NT_187141	TGC	3	9	5319	5327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NT_187141	TGC	4	12	5334	5345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NT_187141	A	7	7	5346	5352	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NT_187141	CAG	2	6	5354	5359	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NT_187141	TGC	2	6	5430	5435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NT_187141	AAT	2	6	5449	5454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NT_187141	TGC	2	6	5457	5462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NT_187141	GGT	2	6	5533	5538	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
157	NT_187141	TAA	2	6	5553	5558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NT_187141	TAA	2	6	5745	5750	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NT_187141	TAAA	2	8	5761	5768	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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168	NT_187141	AGT	2	6	5879	5884	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NT_187141	A	6	6	5895	5900	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NT_187141	AAT	2	6	5902	5907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NT_187141	AAT	3	9	5911	5919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NT_187141	GTAG	2	8	5956	5963	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
173	NT_187141	T	7	7	5979	5985	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NT_187141	TAT	2	6	6026	6031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NT_187141	ATG	2	6	6125	6130	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
176	NT_187141	TTA	2	6	6162	6167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NT_187141	AT	3	6	6219	6224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NT_187141	AAG	2	6	6249	6254	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
179	NT_187141	A	7	7	6360	6366	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NT_187141	CAAG	2	8	6386	6393	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
181	NT_187141	A	6	6	6436	6441	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NT_187141	GTT	2	6	6453	6458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
183	NT_187141	TGC	2	6	6462	6467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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191	NT_187141	TTATT	2	10	6724	6733	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NT_187141	GTA	2	6	6751	6756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
193	NT_187141	TGT	2	6	6788	6793	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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277	NT_187141	GTT	2	6	10714	10719	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
278	NT_187141	A	6	6	10734	10739	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NT_187141	TGA	2	6	11025	11030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
284	NT_187141	GAG	2	6	11092	11097	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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286	NT_187141	ACA	2	6	11145	11150	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
287	NT_187141	AG	3	6	11151	11156	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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289	NT_187141	AT	3	6	11430	11435	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NT_187141	TGA	2	6	11505	11510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
292	NT_187141	ATT	2	6	11536	11541	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NT_187141	TAA	2	6	11553	11558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NT_187141	A	6	6	11564	11569	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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424	NT_187141	A	7	7	16181	16187	100 %	0 %	0 %	0 %	426202357
425	NT_187141	ATG	2	6	16202	16207	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202357
426	NT_187141	TGA	2	6	16254	16259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202357
427	NT_187141	CTT	2	6	16264	16269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202357
428	NT_187141	ATT	2	6	16273	16278	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202357
429	NT_187141	TAA	2	6	16281	16286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202357
430	NT_187141	ATAAC	2	10	16298	16307	60 %	20 %	0 %	20 %	426202357
431	NT_187141	TGA	2	6	16344	16349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202357
432	NT_187141	A	6	6	16384	16389	100 %	0 %	0 %	0 %	426202357
433	NT_187141	A	6	6	16391	16396	100 %	0 %	0 %	0 %	426202357
434	NT_187141	TTGCTA	2	12	16445	16456	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426202357
435	NT_187141	TTA	2	6	16460	16465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202357
436	NT_187141	TAC	2	6	16507	16512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202357
437	NT_187141	GTA	2	6	16526	16531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202357
438	NT_187141	GAGAA	2	10	16532	16541	60 %	0 %	40 %	0 %	426202357
439	NT_187141	T	6	6	16548	16553	0 %	100 %	0 %	0 %	426202357
440	NT_187141	ATT	2	6	16610	16615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202357
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442	NT_187141	A	6	6	16624	16629	100 %	0 %	0 %	0 %	426202357
443	NT_187141	AT	3	6	16689	16694	50 %	50 %	0 %	0 %	426202357
444	NT_187141	GAA	2	6	16744	16749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202357
445	NT_187141	TGA	2	6	16782	16787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202357
446	NT_187141	AGAC	2	8	16817	16824	50 %	0 %	25 %	25 %	426202357

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.